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生物信息学研讨系列
转录组&R语言绘图技能研讨班

      

应广大学员需求,华大基因学院集结转录组分析、R语言绘图领域专家,将华大在各项目执行过程中所积累的宝贵经验,沉淀为经典课程呈现给各位同仁。 


主办单位:深圳市华大基因学院
举办地点:中国 深圳
培训时间:2016年12月19日(周一)——2016年12月23日(周五)



【培训目标】

• 了解转录组学最新进展,主流前沿研究思路;

• 掌握转录组常用分析软件的使用方法和分析要点; 

• 转录组项目设计和执行过程中遇到的实际问题,加快成果转化;

• 用R掌握常规数据处理、统计分析方法;

• 提供有针对性的R绘图指导、能够运用R绘图工具实现发表文章所需图形的绘制。



【培训优势

满足你的独立动手能力、独立解决问题能力,让你学会如何将所学知识应用到实际研究中,学习到书本知识与实际应用中的差异,从而了解并获得更多的项目经验。

华大基因为学员提供了windows系统能用的分析软件,推荐学员自备电脑。


 

【培训特色】 
• 一流的讲师团队——丰富的软件研发经验、重大项目执行经验 
• 全面的课程——技术原理、分析流程、技术应用相互结合 
• 实用软件——从工作中的实际需要出发,精心挑选相应软件上机实操
• VIP增值服务——培训后期赠送R语言绘图在线学习课程
• 面对面解决问题——与专家面对面探讨项目中的瓶颈问题 

【课程安排

模块

时间

课程

时 

形 

选修一

3600/

2016/12/19
(星期一)

1. RNA-seq进展及热点介绍

1h

理论

2. denovo和定量分析介绍

6h

理论 

+

实操

2.1 denovo组装

2.2 unigene注释

2.3 表达定量分析

2.4 差异表达基因筛选

2.5 显著性富集分析

2.6 案例解析

3. 上机实践

3.1 Blast2GOWEGO介绍

3.2 显著性富集分析(DAVIDKO2BAS

3.3 聚类分析(ClustertreeviewGenesis

3.4 GSEA介绍

2016/12/20
(星期二)

4. 全转录组分析介绍

7h

理论 

+

实操

4.1 基本数据处理

4.2 数据比对和统计分析

4.3 点突变检测:SNPSNV分析

4.4 点突变检测:RNA编辑

4.5 结构变异检测:可变剪切

4.6 结构变异检测:基因融合

4.7 lncRNA分析介绍

4.8 案例解析

5. 上机实践

5.1 IGV可视化介绍

5.2 时间序列分析

2016/12/21
(星期三)

6. 非编码RNA分析介绍

7h

理论 

+

实操

6.1 RNA分类注释

6.2 预测新的miRNA

6.3 靶基因预测

6.4 靶基因功能富集

6.5 互作调控分析(miRNAmRNAIncRNA

7. 上机实践

7.1 靶基因预测(psRNATargetmicro-T

7.2 可视化工具介绍(RNAstructureCytoscape

7.3 案例解析

选修二

3600/

2016/12/22
(星期四)

1. R语言简介、功能及基本语法介绍

4h

理论

1.1 RRStudio软件的安装、运行及使用

1.2 R语法介绍(R基本符号,数据结构,程序设计)

1.3 上机实操

2. 数据处理功能及统计应用

4h

理论

+

实操

2.1 数据的读取与存储

2.2 字符及字符串操作

2.3 数据处理

2.4 统计分析

2016/12/2
(星期五)

3. R语言的绘图功能及应用案例

7h

理论

+

实操

3.1 基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存)

3.2 图形案例实际制作

A、散点图——点线混合图、并列散点图、坐标对数化                 

B、条形图——标准条形图、推积条形图、邻接条形图、Error Bar形图

C、文氏图                             

D、饼图——二维饼图、三维饼图         

E、经验分布                            

F、盒形图(箱线图)                      

G、频率直方图                         

HQQ                              

I、热图(三种热图不同作图方法)        

J、多组图                              

K、其它图形包(gplotsggplot2 lattice

赠送线上课程(巩固学习)

R语言绘图在线学习课程

一年有效观看时间

【注】:深圳华大基因学院保留对以上课程信息(包括主题、课程安排和其他细节)进行调整的权利,具体课程信息以实际上课为准。 



【绘图例】



【讲师团队】

我们的讲师来自工作一线,项目经验丰富,多次参与重大项目和论文撰写,有开发生物信息学软件的宝贵实战经验,对生物信息学有全面了解和深刻认识。每个专题主讲一人,老师配备助教,同时指导项目讨论及辅导实践上机。
华大基因学院专职讲师,培训经验丰富,责任心强,讲解细致,举一反三。 

石明明:泛亚太疾病研究部,疾病研究方向。 

1.SJ Zhang#, CJ Liu#, Mingming Shi#, L Kong, JY Chen, WZ Zhou, X Zhu, P Yu, J Wang, XZ Yang, N Hou, ZQ Ye, R Zhang, R Xiao, X Zhang* and Chuan-Yun Li*, RhesusBase: a Knowledgebase for the Monkey Research Community, Nucleic Acids Research, 2012 

2.Zeng J, Liu Y, Liu W, Liu X, Liu F, Huang P, Zhu P, Chen J, Shi M, Guo F, Cheng P, Zeng J, Liao Y, Gong J, Zhang

HM, Wang D, Guo AY, Xiong X. Integration of transcriptome, proteome and metabolism data reveals the alkaloids biosynthesis in Macleaya cordata and Macleaya microcarpa, PLoS One, 2013 

3.JY Chen, Z Peng, R Zhang, XZ Yang,Bertrand CM Tan, CJ Liu, Y E. Zhang, Mingming Shi, ZQ Ye, X Zhang* and Chuan-Yun Li*, Functional RNA Editome in Rhesus Macaque Shaped by Adenosine Deamination and Purifying Selection, PLoS Genetics, 2014 


朱欠华:高级项目负责人,从事生物信息分析6年,主要擅于转录组和重测序分析,包括表达定量、非编码RNA调控、基因共表达网络以及变异检测等。参与多个合作项目(部分文章已发表),主要负责其中的信息分析工作。

1.Hao Q, Yadav R, …,Zhu Q, et al. Transcriptome profiling of brown adipose tissue during cold  exposure  reveals extensive regulation of glucose metabolism. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2015 Mar 1;308(5):E380-92 

2.Guo L, Qiu J, …, Zhu Q, et al. A host plant genome (Zizania latifolia) after a century-long endophyte infection. Plant J. 2015 Aug;83(4):600-9 

3.Li F, Xiao Y, …, Zhu Q, et al. Spatiotemporal-specific lncRNAs in the brain, colon, liver and lung of macaque during development. Mol Biosyst. 2015 Nov 10;11(12):3253-63 


闻博:华大学院生物信息绘图首席专家;2010年毕业于华中科技大学生物信息技术专业后进入BGI,华大基因研究院蛋白质组学研究专家,有着丰富的生物信息分析经验和项目经验。教学经验也很丰富,举一反三。

1.Wen, B., Zhou, R., Feng, Q., Wang, Q., Wang, J., & Liu, S. 2014. IQuant: an automated pipeline for quantitative proteomics based upon isobaric tags. Proteomics.

2.Wen, B., Du, C., Li, G., Ghali, F., Jones, A. R., Käll, L., ... & Wang, J. (2015). IPeak: An open source tool to combine results from multiple MS/MS search engines. Proteomics.

3.Wen, B., Li, G., Wright, J. C., Du, C., Feng, Q., Xu, X., Choudhary, J. S., & Wang, J. 2014. The OMSSAPercolator: an automated tool to validate OMSSA results. Proteomics, 14(9): 1011-1014.

4.Wen, B., Xu, S., Sheynkman, G. M., Feng, Q., Lin, L., Wang, Q., Xu, X., Wang, J., & Liu, S. 2014. sapFinder: an R/Bioconductor package for detection of variant peptides in shotgun proteomics experiments. Bioinformatics.

5.Wang, Q., Wen, B.*, Wang, T., Liu, S. 2014. Omics evidence: single nucleotide variants transmissions on chromosome 20 in liver cancer cell lines. J Proteome Res, 13(1): 200-211. (Co-first author)

6.Zhang, S., Wen, B.*, Zhou, B., Yang, L., Cha, C., Xu, S., Qiu, X., Wang, Q., Sun, H., Lou, X., Zi, J., Zhang, Y., Lin, L., & Liu, S. 2013. Quantitative analysis of the human AKR family members in cancer cell lines using the mTRAQ/MRM approach. J Proteome Res, 12(5): 2022-2033. (Co-first author)



【招生对象】

• 从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生; 
• 迫切希望提升转录组&蛋白质组生物信息分析能力的学者。 



【优惠政策】

• 同时选择所有选修课程可以享受600元优惠,全选优惠价 6600元/人
• 凡华大基因长期业务合作伙伴和华大基因生物信息学培训班老学员,单选课程可享受9.5折优惠 
• 4+1团体优惠,即同一单位有4人同时报名参加该期培训班,可额外免费赠送1个名额(只限于同一期培训班) 
(以上三项优惠政策不能同时享用) 



【注意事项】

请您在开班前将您的详细培训需求反馈给我们,以保证本次培训能更好的满足您的需求。 

请您携带自己的手提电脑,以便能将相关软件拷回使用。 
• 本次课程限定名额35名,为确保培训资源得到最佳利用,请尽快申请报名参加。 
• 已经成功付款的学员,如在2016年12月1日前联系主办方撤销席位,可退还100%的注册费用;如在开课前3个工作日内(含3 个工作日)要求撤销席位则退还80%的注册费用。 
• 撤销席位后,学员可提交延期申请,参加 2017 年1月- 2017 年6月期间由深圳市华大基因学院举办的各类培训,费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款,退款期间产生的所有费用由学员本人承担。 



【报名方式】

1、网上报名:点击报名链接(https://www.wenjuan.com/s/E3EbYf/),填写个人资料,提交;

2、咨询电话:0755-36352044 (对外培训 9:00-12:00  14:00-18:00

3、联系邮箱:training@service.genomics.cn。